Filipiak był prezesem Cracovii od 2004 r. Jego firma Comarch, działająca w branży informatycznej jest sponsorem Cracovii, mając większościowy pakiet akcji.
Filipiakowi Cracovia zawdzięcza wiele. Jego firma przejęła nad nią patronat jeszcze w trzeciej lidze i doprowadziła do awansu do ekstraklasy w 2004 roku. Największym sukcesem za jego kadencji było wywalczenie Pucharu Polski i Superpucharu Polski w 2020 roku. Piłkarze dwukrotnie zajmowali też czwarte miejsce w ekstraklasie i uczestniczyli w eliminacjach Ligi Konferencji Europy. Filipiak i Comarch sponsoringiem objęli nie tylko drużynę piłkarską. W ramach spółki MKS Cracovia SSA działa też drużyna hokejowa, która w tym czasie świętowała siedem mistrzostw kraju i zdobycie Pucharu Kontynentalnego oraz udział w Lidze Mistrzów.
Profesor Janusz Filipiak urodził się 3 sierpnia 1952 roku w Bydgoszczy. Był profesorem doktorem habilitowanym w zakresie nauk technicznych. Zajmował się nowoczesnymi technologiami przez ponad 40 lat. Był redaktorem i autorem czasopism, konsultantem instytucji krajowych oraz zagranicznych.
W 1976 roku rozpoczął pracę w Instytucie Informatyki i Automatyki Wydziału Elektrotechniki, Automatyki i Elektroniki AGH.
W 1979 roku na podstawie dwutomowej pracy "Dynamiczne, zdecentralizowane sterowanie siecią teleinformatyczną" otrzymał stopień doktora. W 1984 roku został doktorem habilitowanym. W wieku 39 lat, w 1991 roku otrzymał nominację profesorską z rąk Prezydenta Rzeczpospolitej Polskiej Lecha Wałęsy.
Profesor Filipiak jest autorem sześciu książek z zakresu teleinformatyki, trzy z nich zostały wydane w Stanach Zjednoczonych i w Europie Zachodniej w tym: “Modelling and Control of Dynamic Flows in Communications Networks” (SpringerVerlag, 1988) oraz “Real Time Network Management” (North Holland, 1991). Opracował ponad sto artykułów z zakresu telekomunikacji i teleinformatyki, które zostały opublikowane w wielu znanych na całym świecie czasopismach specjalistycznych, m.in. „IEEE Transactions on Communications”, „IEEE Journal on Selected Areas in Communications” czy „Operations Research”. Był wydawcą „Telecommunication Services for Developing Economies” (Elsevier, 1991).
Był konsultantem naukowym France Telecom oraz pełnił funkcję dyrektora pełnomocnego Teletraffic Research Centre na Uniwersytecie w Adelajdzie (Australia). Prowadził projekty badawcze w laboratoriach w Stanach Zjednoczonych i Kanadzie.
W 1993 r. wraz z żoną Elżbietą założył Comarch - pierwszą firmę w Polsce opartą na wiedzy. Jak sam napisał w książce autobiograficznej „Dlaczego się udało”: Według dzisiejszych standardów – patrząc na naszą strukturę: profesor plus studenci – nazwano by nas start-upem. (…) Dzięki moim akademickim doświadczeniom i determinacji żony wkroczyliśmy na rynek IT. Byliśmy nie tylko młodsi i mniejsi od naszych konkurentów, ale przede wszystkim inni. Chcieliśmy tworzyć własne oprogramowanie i wierzyliśmy, że jesteśmy w stanie sprzedawać je na całym świecie, włącznie z najbardziej konkurencyjnym amerykańskim rynkiem. To nam się udało.
Prezesem Comarch S.A. Janusz Filipiak został w 1998 roku.
W 2004 r Profesor Filipiak został odznaczony przez Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi dla rozwoju telekomunikacji i teleinformatyki, a w 2012 r. Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi dla rozwoju gospodarki narodowej oraz za osiągnięcia w działalności charytatywnej i społecznej.
W 2013 roku otrzymał IEEE Communications Society Distinguished Industry Leader Award 2012 za wkład w rozwój komunikacji i technologii informatycznej.
W 2016 r. Prezydent RP wyróżnił profesora Janusza Filipiaka za szczególne zasługi dla polskiej przedsiębiorczości, przyznając mu Indywidualną Nagrodę Gospodarczą Prezydenta RP.
W roku 2018 jako jedyny prezes spółki z Europy Środkowo-Wschodniej wziął udział w międzynarodowym szczycie gospodarczym „French International Business Summit”, który odbył się pod patronatem Emmanuela Macrona, prezydenta Francji.
Wielką pasją Profesora Janusza Filipiaka była piłka nożna. Od 2004 r. pełnił funkcję prezesa zarządu sportowej spółki akcyjnej MKS Cracovia.
Zacząłem czytać o Cracovii. Zauroczyła mnie swoją historią. Tym, że mimo przeróżnych zawirowań historycznych, które rwały ciągłość rozmaitych instytucji w Polsce, ona wciąż istniała – jako najstarszy klub piłkarski, założony w 1906 roku. Tym, że zachowała mnóstwo pamiątek i zdjęć z różnych okresów, co świadczyło o szacunku do historii Cracovii – pisał w książce „Dlaczego się udało”.
Znany był z ciętego języka i kontrowersyjnych cytatów, co bardzo często podkreślali dziennikarze.
Do dziś koledzy się śmieją, że jestem jak doktor Jekyll i pan Hyde. W trakcie meczu zamieniam się w innego człowieka. Czasem, przyznaję, puszczają mi nerwy. Wtedy wybucham.
Swoją ostatnią – jak się okazało – książkę autobiograficzną Profesor Janusz Filipiak zadedykował swoim dzieciom: Annie Berenice, Januszowi Jeremiaszowi i Marii Klementynie.
