Zawarta w czosnku allicyna w naturalny sposób obniża ciśnienie krwi. Dlatego osoby przyjmujące leki hipotensyjne lub borykające się ze zbyt niskim ciśnieniem krwi nie powinny spożywać dużych ilości czosnku.

Czosnek jest źródłem fruktanów, które mogą powodować wzdęcia, gazy i bóle brzucha. U osób z nietolerancją nie ulegają one wchłonięciu w jelicie cienkim i są rozkładane w jelicie grubym przez bytujące tam bakterie. W wyniku ich fermentacji powstają gazy. Z kolei zawarte w czosnku związki siarkowe, zwiększają dodatkowo ich produkcję. Podsmażenie czosnku jeszcze bardziej podnosi jego właściwości wzdymające.

Czosnek ma wyjątkowo silne działanie na nasz organizm. Jedzenie go w nadmiarze może prowadzić nawet do krwawień z przewodu pokarmowego, dlatego w diecie małego dziecka powinien się on pojawić w postaci gotowanej dopiero po ukończeniu 1. roku życia, a surowy – drugiego. Należy wprowadzać go stopniowo i w bardzo niewielkich ilościach.

Jedzenie dużych ilości czosnku nie jest wskazane przed planowaną operacją – zarówno poważnym zabiegiem chirurgicznym, jak i np. usuwaniem zęba. Ze względu na właściwości rozrzedzające krew, substancje zawarte w czosnku mogą doprowadzić do krwotoku podczas operacji.